Строительство больницы №39 в Канавинском районе города Горький было начато в 1958 году, когда был заложен фундамент здания хирургического корпуса больницы. Строительство продолжалось 5 лет.

В сентябре 1963 года больница № 39 открылась как лечебное учреждение на 325 коек. С октября 1963 года начат прием больных в нейрохирургическое отделение.

С сентября 1965 года больница №39 Горького стала базой для кафедры пропедевтики детских болезней и кафедры военно-полевой терапии.

В 1972 году за хорошие показатели работы в честь 50-летия образования СССР в общественном смотре городских лечебных учреждений в Горьком больнице №39 присуждено 2 место и вручена Грамота городского здравоохранения и обкома профсоюза медицинских работников.

В 1977 году на базе первого детского отделения было создано городское детское специализированное кардиоревматологическое отделение. Создание отделения положило начало городской детской кардиоревматологической службе в Горьком.

В 1984 году организовано хирургическое отделение.

В 2012 году больница №39 переименована в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения Нижегородской области "Городская клиническая больница №39 Канавинского района Нижнего Новгорода".