Трест «Шахтспецстрой» создан решением Совета Народных Комиссаров СССР 1 марта 1943 года в системе Наркомата угольной промышленности, как специализированная шахтостроительная организация по проходке стволов специальными способами (место постоянной дислокации город Белгород).

В состав треста «Шахтспецстрой» входили Проектная контора, Щекинский опытно-механический завод, Щекинское управление механизации.

Используя специальные способы (бурение, замораживание и тампонаж пород), трестом "Шахтспецстрой" за годы своей деятельности сооружено около 1000 шахтных  стволов общей протяженностью 190 500 метров, в том числе на Норильском комбинате, Соликамском и Берзниковском ГОКах.

В связи с изменением управления народного хозяйства СССР трест «Шахтспецстрой» изменял свою подчиненность:
- в составе Министерства строительства предприятий угольной промышленности СССР;
- в составе Министерства строительства РСФСР;
- в составе Министерства монтажных и специальных строительных работ РСФСР;
- в составе Государственного производственного комитета по монтажным и специальным строительным работам СССР;
- в составе Министерства монтажных и специальных строительных работ СССР (в составе Главспецпромстроя этого министерства).

В 2006 году трест «Шахтспецстрой» реорганизован в ОАО «Трест «Шахтспецстрой» и находится в структуре Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству.