Строительно-монтажный трест «Апатитстрой» создан в июле 1953 года в Кировске Мурманской области на базе ликвидированного управления «Кировскстрой» МВД СССР. Трест «Апатитстрой» приступил к реконструкции АНОФ-1 и сооружению Юкспорского рудника, который в 1954 году выдал первую продукцию.

В 1956 году силами подразделений Апатитстроя начато строительство будущего города Апатиты.

В 1959 году начались проектные работы для строительства цеха крупнопанельного домостроения мощностью 35 тыс. квадратных метров жилья в год, начато сооружение Центрального рудника комбината "Апатит". Строительство в Хибинах объявлено Всесоюзной ударной комсомольской стройкой.

В 1960 году развернуты работы по строительству второй апатито-нефелиновой фабрики (АНОФ-2) и введен в строй деревообрабатывающий комбинат мощностью 60 тыс. квадратных метров изделий в год.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 30 марта 1965 года за достигнутые успехи в строительстве и обеспечение своевременного ввода производственных мощностей комбината «Апатит» трест «Апатитстрой» награжден орденом Ленина.

В 1973-1983 годы трестом «Апатитстрой» построен и введен в действие рудник Восточный, значительно расширены и модернизированы производственные мощности на Центральном и Кировском рудниках. Завершена реконструкция АНОФ-2, начато строительство новой, третьей по счету обогатительной фабрики АНОФ-3.

В 1992 году строительно-монтажный трест «Апатитстрой» преобразован в акционерное общество.