Сахалинское морское пароходство создано 27 октября 1945 года Постановлением Совнаркома СССР о создании на базе Николаевское-на-Амуре государственного морского пароходства (НГМП) пароходства с местонахождением в городе Маока (через год город был переименован в Холмск).

При создании в состав Сахалинского морского пароходства вошли 11 грузовых и 2 грузопассажирских парохода бывшего НГМП.

На начальном этапе, в сороковых и пятидесятых годах, функции пароходства были ограничены только обслуживанием сахалинских грузопотоков. Середина прошлого века стала периодом становления Сахалинского морского пароходства. Впервые в пароходство стали поступать пароходы типа "Хасан" и теплоходы типа "Тисса".

В 1973 году была организована регулярное железнодорожн-паромное сообщение между Сахалином и материком, комплекс включал в себя суда для перевозки железнодорожных вагонов и специализированные причалы в Холмском и Ванинском морских торговых портах, которые в тот период входили в состав Сахалинского морского пароходства.